Linkages between human, environmental, and animal health have been an increasingly important topic of geographical research in recent years. As more data become available for explicitly representing the geographies of these systems, and how they interact, geographers are playing an important role in shaping this research area. Whereas previously these linkages have been known, but rarely quantified, geographical data are now enabling surveillance of environmental changes, animal populations, and human populations in order to realize fine‐grained estimates of disease risk. In this paper, we consider the role of spatial data in this new research area, and characterize challenges of integrating and analyzing data across these domains. We explore these issues through three case studies into emerging zoonoses; avian influenza, Japanese encephalitis, and syndromic animal health surveillance. Issues of scale, availability and access, and linkage uncertainties are found to be key data issues. We anticipate these issues will be important research challenges for geographers working on zoonoses, and as part of multidisciplinary research teams. Finally, we suggest that geographers working in this area adopt the concept of vulnerability surveillance to address these issues and refocus research on vulnerable populations, interfaces, and areas. Les enjeux relatifs aux données spatiales dans la recherche géographique sur les zoonoses Ces dernières années, les liens entre les êtres humains, l'environnement et la santé animale ont constitué un sujet d'étude d'importance croissante en géographie. À mesure que de nouvelles données sont disponibles pour représenter de manière précise les contours géographiques de ces systèmes et définir leurs modes d'interaction, les géographes contribuent à étendre ce domaine de recherche. Alors que l'existence de ces liens était déjà connue sans qu'on puisse établir clairement leur valeur quantitative, les données géographiques fournissent l'assise qui permet d'effectuer un suivi des changements environnementaux, des populations animales et des populations humaines afin de brosser un tableau détaillé du risque de maladie. Cet article s'intéresse au rôle des données spatiales dans ce domaine de recherche émergent et aux défis propres à l'intégration et à l'analyse des données dans ces champs. Nous étudions ces enjeux à partir de trois études de cas portant sur des zoonoses récentes : la grippe aviaire, l'encéphalite japonaise et la surveillance syndromique de la santé animale. Il en ressort que les principaux enjeux relatifs aux données concernent l'échelle, la disponibilité et l'accès, et les incertitudes qui planent sur les liens. Nous prévoyons que ces enjeux poseront un défi majeur pour la recherche menée par les géographes dont les travaux portent sur les zoonoses et qui font partie d'équipes multidisciplinaires. Pour terminer, il est proposé aux géographes œuvrant dans ce domaine d'utiliser le concept de suivi de la vulnérabilité afin d'aborder les enjeux et de recentrer les travaux de recherche sur les populations vulnérables, les interfaces et les milieux.