This paper investigates the impact of genetically engineered (GE) varieties on the cost structure of corn and soybean production in Canada. Employing an adoption index for each farm and a time trend with farm‐level data on production costs of grain corn and soybeans from 2000 to 2007, a translog cost function and the associated input‐share equations are estimated. The use of the adoption index improves the estimates of technological change and multifactor productivity (MFP) growth. The results demonstrate that the adoption of GE corn and soybean reduced the variable costs of production by 0.62% per year. The MFP of corn and soybean grew by 2.0% per year during the study period, and 31% of this growth is attributable to GE varieties of these crops. The results also reveal that the adoption of GE varieties reduced the cost shares of fertilizer, herbicides and pesticides, and machinery in corn and soybean production. While the adoption of GE varieties increased the cost shares of seeds and custom works including labor, only the former was statistically significant. Dans la présente étude, nous avons examiné les répercussions des variétés génétiquement modifiées sur la structure des coûts de la production du maïs et du soja au Canada. À l'aide de l'indice d'adoption de chaque exploitation agricole et d'une tendance temporelle comprenant des données sur les coûts de production d'exploitations agricoles productrices de maïs grain et de soja au cours de la période de 2000 à 2007, nous avons estimé une fonction de coût de type Translog et les parts des intrants. L'utilisation de l'indice d'adoption améliore les estimations du changement technologique et de la croissance de la productivité multifactorielle. Les résultats de notre étude ont montré que l'adoption du maïs et du soja génétiquement modifiés diminuaient les coûts variables de la production de l'ordre de 0,62 % par année. La croissance de la productivité multifactorielle du maïs et du soja a augmenté de 2 % par année au cours de la période d’étude, et 31 % de cette croissance était attribuable à l'utilisation de variétés génétiquement modifiées. Les résultats ont également montré que l'adoption de variétés de maïs et de soja génétiquement modifiées a permis de diminuer la part des coûts des engrais, des herbicides et des pesticides, et de la machinerie. Bien que l'adoption de variétés génétiquement modifiées ait fait croître la part des coûts des semences et du travail à forfait y compris la main‐d’œuvre, seul l'effet sur la part des coûts des semences était statistiquement significatif.