This study examined the effects of a family systems therapy (Ecologically‐Based Family Therapy [EBFT]) on the co‐occurring trajectory of mothers’ substance use and psychological control, and its association with children's problem behaviors. Participants included 183 mothers with a substance use disorder who had at least one biological child in their care. Mothers were randomly assigned to one of the three intervention conditions: EBFT—home, n = 62; EBFT—office, n = 61; or Women's Health Education, n = 60. Participants were assessed at baseline, 3, 6, 12, and 18 months post‐baseline. A dual‐trajectory class growth analysis identified three groups of mothers in regard to their change trajectories. The majority of the mothers exhibited a synchronous decrease in substance use and psychological control (n = 107). In all, 46 mothers exhibited a synchronous increase in substance use and psychological control. For the remaining 30 mothers, substance use and psychological control remained stable. Mothers in the family therapy condition were more likely to show reduced substance use and psychological control compared to mothers in the control condition. Moreover, children with mothers who showed decreased substance use and psychological control exhibited lower levels of problem behaviors compared to children with mothers showing increased substance use and psychological control. The findings provide evidence for the effectiveness of family systems therapy, EBFT, in treating mothers’ substance use, improving parenting behaviors, and subsequently improving child behavioral outcomes. En este estudio se analizaron los efectos de una terapia sistémica familiar (Terapia de Familia de Base Ecológica, EBFT, por sus siglas en inglés) en la trayectoria concomitante del abuso de sustancias y el control psicológico de las madres, y su asociación con los comportamientos problemáticos de los niños. Las participantes fueron 183 madres con un trastorno por abuso de sustancias que tenían por lo menos un hijo biológico a su cuidado. Se asignó aleatoriamente a las madres a una de las tres condiciones de la intervención: EBFT—casa, n = 62, EBFT—oficina, n = 61, o a educación sobre la salud de las mujeres, n = 60. Se evaluó a las participantes antes de iniciar el estudio y a los 3, 6, 12, y 18 meses posteriores al inicio de este. Un análisis del crecimiento de las clases de trayectoria doble identificó tres grupos de madres con respecto a sus trayectorias de cambio. La mayoría de las madres manifestó una disminución sincrónica en el abuso de sustancias y en el control psicológico (n = 107). Cuarenta y seis madres presentaron un aumento sincrónico en el abuso de sustancias y en el control psicológico. En el caso de las treinta madres restantes, el abuso de sustancias y el control psicológico se mantuvieron estables. Las madres de la condición de terapia familiar fueron más propensas a demostrar un menor abuso de sustancias y control psicológico respecto de las madres de la condición de comparación. Además, los niños cuyas madres demostraron un menor abuso de sustancias y control psicológico manifestaron niveles más bajos de comportamientos problemáticos en comparación con los niños cuyas madres presentaron un mayor abuso de sustancias y control psicológico. Los resultados ofrecen indicios de la eficacia de la terapia sistémica familiar, la EBFT, en el tratamiento del abuso de sustancias de las madres, ya que mejora los comportamientos de crianza y, en consecuencia, mejora los resultados conductuales de los niños. 该研究考察了家庭系统心理治疗(生态为基础的家庭心理治疗,EBFT) 对于母亲药物滥用和心理控制兼发轨迹的影响以及其和儿童问题行为的关联。参与者包括183位有药物滥用问题的母亲们,她们都有至少一个孩子需要照料。母亲们被随机分配到三个干预条件之一:EBFT—home, n = 62, EBFT—office, n = 61, 或女性健康教育,n = 60. 我们对参与者在基线,以及3,6,12,和18个月进行评估。一项双重轨迹类别成长分析针对母亲们的变化轨迹将其分为三组。大部分母亲表现出药物滥用和心理控制同步减轻(n = 107). 46位母亲表现出药物滥用和心理控制同步增加。其他30位母亲药物使用和心理控制水平不变。相对于控制组条件,家庭心理治疗条件下母亲们更有可能表现出药物使用和心理控制降低。此外,相对于其母亲表现出药物使用和心理控制增强的孩子,表现出药物使用和心理控制减轻的母亲们的孩子表现出较少的问题行为。这些发现为家庭系统心理治疗(EBFT)治疗母亲药物滥用以及改善亲职行为和后续改善儿童行为成果方面的有效性提供依据。